ลำไส้ของมนุษย์หรือระบบทางเดินอาหารที่อาหารถูกย่อยสลายเป็นสารอาหารสำหรับร่างกาย เป็นระบบนิเวศที่มีแบคทีเรียหลายพันชนิด ซึ่งปฏิสัมพันธ์กันเป็นตัวกำหนดสุขภาพและความอ่อนแอต่อโรคต่างๆ แม้ว่าจุลินทรีย์บางชนิดจะเป็นอันตราย แต่จุลินทรีย์หลายชนิดก็มีประโยชน์และช่วยให้ร่างกายมนุษย์มีสุขภาพที่ดี เป็นที่ยอมรับกันโดยทั่วไปว่ายิ่งแบคทีเรียมีความหลากหลายมากขึ้น

ลำไส้ก็จะมีความสามารถมากขึ้นในการควบคุมสุขภาพและต่อสู้กับโรคต่างๆ แบคทีเรียหรือปรสิตบางชนิดในระดับสูงอาจส่งผลให้ลำไส้ไม่แข็งแรง ซึ่งเป็นสาเหตุของอาการต่างๆ เช่น การอักเสบผิดปกติ อาการลำไส้แปรปรวน ปวดท้อง ท้องอืด ท้องร่วง และท้องผูก ซึ่งเป็นปรสิตทั่วไปที่อาศัยอยู่ในระบบทางเดินอาหารของมนุษย์ ปรสิตยับยั้งการอักเสบในลำไส้และแสดงคุณสมบัติของโปรไบโอติกที่ช่วยให้ลำไส้แข็งแรง ปรสิตทำให้ระบบนิเวศของแบคทีเรียมีเสถียรภาพในลำไส้ของแบบจำลองในห้องปฏิบัติการ และส่งเสริมการฟื้นตัวจากการอักเสบได้เร็วขึ้น เมื่อนึกถึงปรสิต ปกติแล้วเราจะไม่เชื่อมโยงพวกมันว่าเป็นสิ่งมีชีวิตที่เป็นประโยชน์ ในการปรับโครงสร้างลำไส้ให้เป็นองค์ประกอบที่ดีต่อสุขภาพของจุลินทรีย์ อาจเป็นผลมาจากความสามารถในการเพิ่มประเภทของแบคทีเรียที่ผลิตโมเลกุลที่เป็นประโยชน์ รวมทั้งเพิ่มเซลล์ภูมิคุ้มกันที่ช่วยลดการอักเสบ การตรวจหาปรสิตในความเป็นจริงอาจเชื่อมโยงกับการมีลำไส้ที่แข็งแรง และจุลินทรีย์อาจถูกแปลเป็นโปรไบโอติกเพื่อรักษาอาการอักเสบในผู้ป่วย